iStore ponuja upravljanje z vašim inventarjem in zalogo. Sistem nudi široko paleto možnosti za učinkovito delovanje trgovine. Prednosti sistema so, da ne potrebujete posebnega ročnega knjigovodstva za stanje zaloge, saj artiklov, ki niso več na zalogi jih aplikacija samodejno umakne iz prodaje, razen če ne uporabite funkcijo negativna zaloga.
Negativna zaloga je rešitev, ki pride v uporabo, kadar še niste vpisali novo zalogo, ki ste jo prejeli in želite vseeno prodajati vaš izdelek na spletu. Ko vnesete nabavno količino, se vam povrne stanje zaloge na pravilen vnos in lahko nemoteno prodajate dalje. Seveda lahko sledenje zalog tudi onemogočite, če ne želite spremljati zaloge.
Sistem je mogoče nastaviti tako, da obvesti upravitelja spletne trgovine, kadar so proizvodi iz zalog ali jih zmanjkuje (prednastvaljena minimalna zaloga artikla). Spletna trgovina omogoča, da ima vsak izdelek različen način opozarjanja in obveščanja, ter različne definicije stanje zalog.
